发明专利及设计专利有实体审查制度。实体审查是依据专利申请内容针对专利要件进行检索，确认於该专利申请日前未有用任何方式公开之先前技术。
发明专利在申请时可勾选「本案一并申请实体审查」，并於申请时同时缴纳实体审查官方规费新台币7,000元整。若未勾选，则需在申请日起算3年内提出实体审查之申请，否则该申请视为撤回。
设计专利自文件齐备后由智慧局审查人员直接进行实体审查。